Le Comité conduit les destinées de la Fédération et du Bourgeon en sa qualité d'organe supérieur de gestion. Il élit et guide les nombreuses commissions qui lui sont rattachées, et il pilote le secrétariat selon le principe de la gestion par objectifs. Le Comité édicte la politique de la Fédération et la politique d'assortiment. Il fixe les critères d'octroi des licences et agrée les organismes de contrôle et de certification.
Le Comité se réunit huit fois par année pour des séances ordinaires et une fois pour un séminaire. S'y rajoutent des conférences téléphoniques et d'autres événements de la Fédération. Le Comité se réunit trois fois par année avec les président-e-s des organisations membres et des commissions de Bio Suisse. Ces Conférences des présidents préparent notamment les deux Assemblée des délégués, mais elles discutent aussi des orientations stratégiques de la Fédération.
Rahel Beglinger-Urner (Mollis, GL) – Dicastère Qualité
Josef Bircher (Malters, LU) – Dicastère Projets stratégiques et Recherche
Urs Brändli (Goldingen, SG) – Présidence
Karine Contat (Grimisuat, VS) – Dicastère Formation
Dora Fuhrer (Burgistein, BE) – Dicastère Communication et Fédération
Cédric Guillod (Praz-Vully, FR) – Dicastère Finances
Milo Stoecklin (Séprais, JU) – Dicastère Marché
